小规模纳税人在处理增值税专用发票和普通发票的差异时，需要注意以下几点：
1. 税率差异：增值税专用发票和普通发票的税率可能不同，小规模纳税人需要根据不同税率进行相应的处理。
2. 抵扣范围差异：增值税专用发票可以用于抵扣进项税，而普通发票只能用于抵扣部分进项税。小规模纳税人需要根据不同的抵扣范围进行相应的处理。
3. 纳税申报方式差异：小规模纳税人在纳税申报时，需要将增值税专用发票和普通发票分别列出并填写相应的信息。
4. 发票认证方式差异：增值税专用发票需要进行发票认证，而普通发票不需要。小规模纳税人需要根据不同的认证方式进行相应的处理。

综上所述，小规模纳税人需要根据增值税专用发票和普通发票的差异进行相应的处理，以确保纳税申报的准确性和合法性。