在更新决策中，判断哪些现金流应计入增量现金流是非常关键的，这有助于准确评估更新方案的可行性和经济效益。以下是一些应计入增量现金流的情况：

首先是初始投资阶段的现金流。新设备的购置成本显然是增量现金流，这是为了更新设备而额外支出的费用。同时，旧设备的变现价值也需要考虑，若更新设备，旧设备可以出售获得现金流入，这是更新决策带来的增量现金流入。另外，若旧设备变现存在纳税影响，比如变现收益需要缴纳所得税，或者变现损失可以抵税，这些纳税金额的变化也属于增量现金流。例如，旧设备账面价值高于变现价值产生的变现损失可以抵税，减少了企业的现金流出，这部分抵税金额应作为增量现金流计入。

其次是运营阶段的现金流。新设备可能带来更高的生产效率，使得产品产量增加或者质量提升，从而带来更多的销售收入，这增加的销售收入就是增量现金流。同时，新设备可能在能源消耗、维护成本等方面与旧设备不同。如果新设备能耗更低、维护成本更少，那么节约的成本就是增量现金流入；反之，如果新设备相关成本更高，增加的成本则是增量现金流出。此外，由于产量或成本的变化，可能会影响企业的所得税，所得税的增减变化也应计入增量现金流。比如，成本降低导致利润增加，所得税相应增加，这增加的所得税就是增量现金流出。

最后是终结阶段的现金流。新设备在使用期末可能有残值收入，这是更新决策带来的增量现金流入。而旧设备若继续使用到原计划的终结期也有残值，两者残值的差异就是增量现金流。另外，若存在设备处置时的清理费用等，新设备和旧设备清理费用的差异也应作为增量现金流考虑。

综上所述，在更新决策中，初始投资、运营阶段以及终结阶段与更新相关的现金流量变化，包括设备购置、变现、收入、成本、纳税以及残值等方面的差异，都应计入增量现金流，以全面、准确地评估更新方案的优劣。