小规模纳税人可以按照以下方式处理增值税进项税额转出：
1. 对于已经认证的增值税专用发票，如果发票上注明了不可抵扣的内容，如娱乐、健身等费用，小规模纳税人应当将这部分进项税额转出。具体的操作方式是，在申报增值税纳税申报表时，在“应纳税额减免”栏目中填写相应的金额。
2. 对于已经认证的增值税普通发票，如果发票上注明了不可抵扣的内容，也应当将这部分进项税额转出。具体的操作方式是，在申报增值税纳税申报表时，在“应纳税额减免”栏目中填写相应的金额。
3. 对于未认证的增值税专用发票和普通发票，小规模纳税人可以先按照正常程序进行认证，并在认证后再根据实际情况进行进项税额转出。

需要注意的是，小规模纳税人每年只能进行一次进项税额转出，而且转出的金额不能超过当期应纳税额的50%。如果当期应纳税额为0，也不能进行进项税额转出。