从事房地产开发的纳税人清算土地增值税的具体步骤如下：
1.确定土地增值税的计税依据。土地增值税的计税依据是土地增值额，即土地出让收入扣除土地成本、开发成本和相关税费后的余额。
2.计算土地增值税应纳税额。土地增值税应纳税额 = 土地增值额 × 税率。目前土地增值税税率为30%。
3.申报土地增值税。纳税人应在土地转让或者房地产开发项目竣工之日起60日内，向税务机关申报土地增值税并缴纳税款。
4.办理税务登记和备案手续。纳税人应按照税务机关的要求，办理税务登记和备案手续。
5.开具土地增值税专用发票。纳税人应在销售土地或者房地产时，开具土地增值税专用发票。

总之，从事房地产开发的纳税人应按照相关规定，认真履行土地增值税清算和申报缴纳义务。