库存现金短款是指实际现金库存数量少于账面现金库存数量的情况。处理方法如下：
1. 首先应当对库存现金进行核实，确认短款的具体数额。
2. 确认短款的原因，如是否是计算错误、盗窃等原因导致。
3. 根据短款的原因，采取相应的措施。如果是计算错误，应当进行调整，将账面现金库存调整为实际现金库存的数量。如果是盗窃等原因导致，应当立即报警，并进行相应的调查和处理。
4. 记录处理过程。对于短款的处理过程，应当进行详细的记录，包括短款的原因、处理措施、调整金额等信息，以备查证。
5. 加强管理。为了避免类似情况的再次发生，应当加强现金库存的管理，建立完善的现金库存制度和管理流程，确保现金库存的安全和准确性。